一、政策的不确定性
早期政策导向偏颇, 氢能源发展意识不足，导致资金过多投向金属电池汽车产业，氢能源汽车产业投资受到挤压。2017年实施的双积分制度，初衷是为了建立推动新能源汽车发展的长效机制，实现传统汽车降低油耗和扩大新能源汽车产销规模，但由于已有车企只需减少碳排放或者通过非法交易获得新能源积分，大多数传统企业没有动力转型氢能源汽车产业发展，而是将更多精力发展混合动力汽车或者纯电动汽车。
二、技术的不确定性
虽然我国氢能源汽车产业技术上有了一定发展，但在制氢、储氢、燃料电池、加氢站、商业化等环节还存在明显短板。此外，供氢系统故障、冷却系统故障、燃料电池模块故障、燃料电池DCDC故障、辅助系统故障和绝缘故障等六大问题亟待解决。
三、需求的不确定性
氢能源和氢燃料电池进入市场的时间和节奏、市场需求和欲望，依然不好把握，亟需政府进行干预以便保持稳定需求量。氢能源汽车当前存在产业链难以贯通的困境，特别是氢气供应仍然是制约产业发展的环节，常规的氢气产业运营模式暂时无法与新兴的燃料电池应用产品无缝衔接，安全轻便的储氢材料还没有出现，这使得氢能产品商业化进展十分缓慢。氢能与燃料电池技术突破、燃料电池成本下降不及预期，加上氢能知识普及缺失和不足，使得氢燃料电池和氢能源汽车市场化短期内没有达到应有效果。
四、竞争的不确定性
由于竞争政策的设计和实施存在严重不足，原有企业和新进入市场者仍存在冲突。市场在位者往往投入大量研发成本，而新进入者则通过非法手段窃取技术专利或者在已有研究水平上搭便车进行更新换代，从而出现后来居上和打压原有市场在位者的情况，使得很多大型企业不愿意投入巨资研发，而是继续观望等待技术的突破或成熟，阻碍了氢能源汽车产业的发展。
五、应用推广进程缓慢
在基础设施方面，配套仍比较落后。管网运氢大概只有400公里左右，加氢站至2018年底只有23座，世界排名第一的日本则拥有96座。在整车制造方面，生产数量依然十分有限。截至2019年，中国氢能源汽车产业集群达到60家企业，但是氢能源汽车产量不足3000辆。北上广深等大城市未能形成氢能源汽车产业集群，引领带动氢能汽车产业发展，产业只是集聚于张家口、常熟等中小城市。
六、标准制定滞后
美国、日本分别在氢燃料电池技术标准和氢能源汽车标准上走在世界前端。我国相关政府部门管理权限分散，行业标准制定与认定的孤岛隔阂现象较为严重，导致氢能源产业技术标准单一、笼统、松垮和割裂，汽车行业、氢燃料电池行业、纯氢制备行业等领域的标准制定较为粗糙，产业国际话语权严重不足。
